A pesquisa realizada em longo prazo em um país com sérias restrições econômicas como o Brasil toma muito tempo, energia e deve contar com diferentes fontes de apoio logístico de financeiro. Desde 1995 houve um considerável apoio de Organizações Não Governamentais (ONGs), Agências de Fomento (AF) e Empresas Privadas (EP) para que a pesquisa desenvolvida com cetáceos no Estado de São Paulo pela nossa equipe se tornasse robusta a ponto de estabelecer um Laboratório exclusivo voltado ao estudo e à conservação de mamíferos aquáticos.
A ONG Cetacean Society International (CSI) foi responsável por fazer decolar os primeiros esforços de pesquisa em Cananéia em 1995 pelo Projeto Atlantis. O presidente da ONG, o Sr. William Rossiter, colaborou com a doação de livros, equipamentos, e com suporte financeiro para executar projetos ou para atender a eventos científicos envolvendo mamíferos aquáticos a muitos dos integrantes que passaram pelas equipes do Projeto Atlantis entre 1995 e 2019. Palavras nunca serão suficientes para expressar nossos agradecimentos.
Entre 1996 e 1998, e novamente em 2003, a ONG Whale & Dolphin Conservation Society (WDCS), agora conhecida como Whale & Dolphin Conservation (WDC), foi responsável por financiar os primeiros estudos de fotoidentificação do boto-cinza no estuário de Cananéia. Foi um engajamento de pioneirismo que fez com que a aplicação da técnica de foto-identificação de botos naquela região se tornasse um esforço de pesquisa padrão por quaisquer outros grupos de pesquisa que por ali passaram. Agradecimentos especial a Alison Smith, Vanessa Williams e Nicola Hodgins que efetivaram a concretização dos apoios.
A Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) é a principal AF para pesquisa do Estado de São Paulo. Desde 1998 houve apoio para a realização de cinco mestrados, um doutoramento e um apoio a bolsista no programa jovem pesquisador da FAPESP com estudos exclusivamente voltados aos cetáceos. Em paralelo, quatro bolsas de iniciação científica foram utilizadas por estudantes de graduação da UNESP e da USP até 2010. Em 2011 a FAPESP aprovou uma proposta de pesquisa científica para monitorar a mortalidade de cetáceos no sul do Estado de São Paulo (processo 2010/51323-6; mais detalhes em PROJETO ATLANTIS). Aquele processo está também ligado ao estabelecimento de um laboratório de determinação de idade de cetáceos odontocetos por histologia que foi repassado ao Departamento de Oceanografia Biológica do IOUSP. Em 2012 a FAPESP aprovou outra proposta de pesquisa para mapear a ocorrência, a distribuição sazonal e os movimentos de cetáceos pela costa do Estado de São Paulo (processo 2011/51543-9; mais detalhes em CRUZEIROS OCEANOGRÁFICOS). Em 2019 uma nova frente de pesquisas foi aprovada para apoio por parte da FAPESP, neste caso visando estudos com toninhas no litoral norte do Estado de São Paulo (processo 2018/17501-6; mais detalhes em TONINHAS SOB NOVA ÓTICA). Com os apoios mencionados, a FAPESP é uma das AFs que mais investe em pesquisa e conservação de cetáceos no país.
Entre 2004 e 2007 houve o apoio da EP Earthwatch Institute (EWI). Em quatro anos, um total de 101 voluntários vieram ao Brasil para aumentar consideravelmente o número de braços e cabeças para investir na pesquisa e na conservação de cetáceos no litoral sul paulista. Foram 14 expedições de dez dias com coleta de dados, ações comunitárias e engajamento na conservação da natureza.
A partir de fevereiro de 2011, quando foi estabelecido o Laboratório de Biologia da Conservação de Mamíferos Aquáticos (LABCMA), a Universidade de São Paulo (USP) também tem investido em pesquisa e conservação de cetáceos por meio de recursos para a estruturação do laboratório, transporte às viagens a campo, estadia nas bases de pesquisas, e bolsas de estudos a graduandos.
A partir de março de 2011 o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) tem apoiado iniciativas de pesquisa do LABCMA. Inicialmente com a concessão de bolsa de produtividade em pesquisa para o coordenador do laboratório (processo número 308331/2010-9), envolvendo os estudos com capturas acidentais em operações de pesca no sul de São Paulo. Além da bolsa de produtividade em pesquisa, com o tempo bolsas de iniciação científica (PIBIC), de mestrado e de doutorado foram implementadas para novas frentes de pesquisa. Em 2020 houve mais uma concessão de bolsa de produtividade em pesquisa ao coordenador do LABCMA (processo número 311396/2020-8). Este também é um apoio de grande importância ao LABCMA.
A Fundação para o Desenvolvimento Tecnológico da Engenharia (FDTE) é uma instituição de direito privado, independente e sem fins lucrativos, instituída por docentes e pesquisadores da Escola Politécnica da Universidade de São Paulo em 1º de dezembro de 1972, tendo por objetivo principal desenvolver a engenharia, com apoio da pesquisa e do conhecimento da POLI-USP, por meio de projetos para o mercado e para a sociedade. O LABCMA conta com o apoio da FDTE para executar projetos de pesquisa pela costa do Estado de São Paulo desde 2017.